Mimo że Kanata i jego przyjaciele powrócili zwycięsko z niebezpiecznego konfliktu, w pewnym sensie stracili kluczowego sojusznika: magusa Noir, która cierpi na amnezję. Po częściowym przywróceniu pamięci Noir wróciła do swojej poprzedniej osobowości, Mystere, która traktuje swojego mistrza Kanatę z pogardą. Niemniej jednak Mystere pamięta, że w swojej przeszłości jako sztuczna inteligencja magusa wykryła sygnał z Histoire, magicznego miasta. Tymczasem Tokio znika z Rock Town, ścigając duchy swojej przeszłości; jednak im głębiej prowadzi swoje śledztwo, tym więcej zaskakujących odkryć go czeka. Gdy Kanata, jego przyjaciółka z dzieciństwa Ellie oraz maguska diva Ciel wyruszają do Histoire, wroga grupa o nazwie Ideal wysyła za nimi zabójców. Aby mieć jakiekolwiek szanse na zrealizowanie swojego marzenia, Kanata musi ujawnić mroczną prawdę na temat Idealu – oraz niektórych członków swojego najbliższego otoczenia.