Minęło pół roku od zwycięskiej Bitwy o Brytanię i odzyskania Gallii od inwazji Neuroi. Yoshika Miyafuji, członkini słynnego 501. Zgrupowania Myśliwskiego, wróciła do domu w Fusie i ukończyła szkołę średnią. Jednak jej walka jest daleka od końca. Otrzymuje list rzekomo wysłany przez jej dawno zmarłego ojca, zawierający plany najnowocześniejszego Striker Unit, nad którym pracował przed swoją śmiercią. Jednostka, zaprojektowana specjalnie dla Yoshiki, może być w stanie wykorzystać jej niezwykłe magiczne moce. Tymczasem w Europie narasta nowe zagrożenie. Nad Wenecją pojawiło się gniazdo Neuroi bezprecedensowego rozmiaru i siły, które zniszczyło lokalne siły Wróżek i natychmiast pochłonęło północną część kraju. Co gorsza, nowo zauważony humanoidny typ Neuroi próbuje nawiązać kontakt z ludźmi. Yoshika, niezdolna do porzucenia swoich przyjaciół na frontach, musi ponownie wyruszyć na zniszczone wojną kontynenty.