Amu Hinamori i Strażnicy Szkoły Podstawowej Seiyo kontynuują poszukiwania Jaj X, aby je oczyścić, jednocześnie goniąc za nieuchwytnym Embryonem — jajem, o którym mówi się, że spełnia każde życzenie. Strażnicy muszą jednak zdobyć Embryon, zanim wpadnie ono w ręce złowrogiej korporacji Easter. Aby wabić Embryon, Easter wykorzystuje Lulu de Morcerf, obojętną dziewczynkę, której rubinowy naszyjnik pozwala zamieniać Jaja Serca w Tajemnicze Jaja. Te dziwne Tajemnicze Jaja są trudniejsze do oczyszczenia niż Jaja X i mogą zmuszać ich właściciela do przejścia Transformacji Postaci. W obliczu rosnącego zagrożenia Strażnicy muszą znaleźć źródło i powstrzymać rozprzestrzenianie się zjawiska, zanim sytuacja wymknie się spod kontroli. Pod ciężarem tych dwóch nowych celów, czy Strażnicy zdołają odzyskać Embryon, jednocześnie radząc sobie z Tajemniczymi Jajami?