Kim stałbym się? Co mogę dla siebie zrobić? Dzieci zadają sobie te pytania, a z tych myśli rodzi się "Jajko Serca". Niewidoczne dla większości, Jajko Serca pozostaje ukryte w każdym człowieku, reprezentując jego własny ideał charakteru. Dostosowując się do życia w nowej szkole, Amu Hinamori nieumyślnie zyskała reputację osoby "chłodnej i ostrych słów". Niezadowolona ze swojej zewnętrznej osoby, Amu często zastanawia się, jak może zachowywać się bardziej jak jej prawdziwe ja. Jej pragnienie zmiany objawia się pewnego ranka, gdy Amu budzi się i znajduje trzy jajka pod sobą. Wylęgają się z nich Ran, Miki i Suu — trzy "Postaci Strażnicze", każda z nich jest wcieleniem ideału Amu. Shugo Chara! śledzi podróż Amu, gdy trójka zaczyna pokazywać jej, jak duży potencjał ma, spotykając inne Postacie Strażnicze i kilka kłopotliwych doświadczeń w drodze.