Satoshi i jego przyjaciele kontynuują swoją podróż przez region Kalos! Po tym, jak Satoshi zdobywa swój siódmy odznakę gimnazjalną, grupa zmierza w stronę następnego miasta, gdy Eureka znajduje w swojej torebce tajemniczego Pokémona. Wkrótce nadaje mu imię Puni-chan; jest to stworzenie, którego nie potrafią zidentyfikować nawet Satoshi i nowy Pokémon Zukan Sereny. Jednak szybko staje się jasne, że Puni-chan jest celem tajemniczej grupy ubranej w jaskrawoczerwone garnitury, znanej jako Team Flare, która ma na celu schwytanie nowego Pokémona, aby służyło ich planom. Ale gdy Satoshi i reszta grupy dostrzegają, że enigmatyczna organizacja nie zamierza traktować Puni-chan z żadną godnością, stają do walki przeciwko planom Team Flare, śmiało przeciwstawiając się im. Gdy przewidywania Gojiki wiszą nad nimi, Satoshi dąży do zdobycia ostatniej odznaki gimnazjalnej, podczas gdy Serena rywalizuje o swój ostatni Klucz Księżniczki, aby móc wziąć udział w Mistrzowskiej Klasie TriPokalon. Ale gdy Team Flare zaczyna działać w poszukiwaniu tajemniczego Z, historie Pokemon XY i Pokemon XY: Mega Evolution splatają się, a Satoshi i jego przyjaciele, wraz z Team Rocket, zostają wciągnięci w spisek, który może zagrażać bezpieczeństwu Kalosu.