Bywający kiedyś asystentem profesora Platane z miasta Lumiose, Alain wraz ze swoim Charizardem wyruszył w podróż, by stać się jeszcze silniejszym, opanowując moc Megaewolucji. Na prośbę tajemniczego Fleur-de-lis, Alain i Charizard podróżują przez regiony Kalos i Hoenn, aby zbadać tajemnice tego zjawiska. Szukają oni doświadczonych trenerów, którzy potrafią korzystać z Megaewolucji, aby wspomóc ich własny rozwój oraz pomóc Fleur-de-lisowi w jego badaniach. W trakcie podróży spotykają młodą dziewczynę o imieniu Manon, która wraz ze swoim Stuffulem postanawia dołączyć do Alaina; on zgadza się na to niechętnie. Pokemon XY: Mega Evolution śledzi przygody Alaina i Charizarda, którzy dążą do tego, by stać się najsilniejszymi użytkownikami Megaewolucji. W drodze walczą z legendarnymi potworami, aby chronić ambicje Fleur-de-lisa, a także bezpieczeństwo tych, którzy są dla niego najważniejsi.