Świat został pochłonięty przez rozpaczliwą, trzydziestoletnią wojnę z BETA, obcym gatunkiem, który najechał Ziemię w 1973 roku. W trakcie tych zamieszek uczeń szkoły średniej Takeru Shirogane nagle budzi się z przerażającego koszmaru, w którym widzi całkowitą klęskę ludzkości. Wkrótce dochodzi do wniosku, że sen był w rzeczywistości wspomnieniem z jego życia w alternatywnym wszechświecie. W tej linii czasowej zrealizowano projekt Alternative V, wysyłając setki tysięcy ludzi w kosmos jako ostateczną próbę uratowania ludzkości, podczas gdy pozostały miliard ludzi na Ziemi stawił czoła brutalnemu losowi. Zdecydowany zmienić tę ponurą przyszłość, Takeru wstępuje do bazy wojskowej znajdującej się w Jokohamie, która jest jego dawną szkołą średnią. Tam udaje się przekonać profesor Yuuko Kouzuki, wicekomendantkę bazy i szefową projektu Alternative IV, aby zapobiec realizacji Alternative V. Aby zagwarantować sukces projektu Alternative IV, Takeru musi pilotować olbrzymie maszyny humanoidów zwane Taktycznymi Powierzchniowymi Walczącymi (TSF) wraz ze swoimi kolegami kadetami. Jednak ma tylko dwa miesiące na ukończenie szkolenia i wykorzystanie swojej częściowej wiedzy o przyszłości, w przeciwnym razie nadchodząca tragedia stanie się faktem.