W Muv-Luv Alternative Takeru budzi się trzy lata po zakończeniu wydarzeń z Muv-Luv Unlimited, aby znaleźć się z powrotem w swoim pokoju. Początkowo zakłada, że wszystko, co przeżył, było jedynie snem, ale wkrótce czuje, że coś jest nie tak. Opuszcza dom i odkrywa, że został cofnięty w czasie do początku wydarzeń z Unlimited. Odrzucając scenariusz taki jak Alternative V, postanawia pomóc profesorowi Kouzukiemu w ukończeniu Alternative IV, aby uratować ludzkość.