Po pokonaniu Myouri Unzen przez Medakę Kurokami i jej Radę Uczniowską, do Akademii Hakoniwa powrócił pokój – przynajmniej na krótki czas. Wkrótce Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune i Mogana Kikaijima stają się częścią kolejnego złowrogiego spisku, znanego jako „Plan Fiolki”, zaplanowanego przez samego dyrektora szkoły. Jednak pierwszym problemem rady jest zmierzenie się z całkiem nową grupą nadludzkich uczniów, nazywających się „Trzynastką”, pod wodzą egoistycznego, ale potężnego Oudo Miyakonojou. Z tajemniczym Planem Fiolki, tyranizacją Oudo i powrotem starego wroga, sytuacja w Akademii Hakoniwa jest daleka od spokoju, a Medaka i jej towarzysze mają pełne ręce roboty, gdy sytuacja staje się coraz bardziej abnormarna.