Medaka Kurokami, uczennica pierwszego roku, zostaje wybrana na prezeskę Rady Samorządu Uczniowskiego. Jej pierwszym aktem jest założenie skrzynki na propozycje, którą uczniowie później przezwali „Medaka Box”. Medaka zachęca uczniów do bez wahania składania w niej zgłoszeń dotyczących wszelkich problemów, obiecując, że zajmie się każdą sprawą, niezależnie od tego, kto ją zgłosi. Ponieważ Medaka wygrała wybory do Rady Samorządu Uczniowskiego, zdobywając oszałamiające 98% głosów, staje się jej jedynym członkiem. Prosi o pomoc swojego przyjaciela z dzieciństwa, Zenkichiego Hitoyoshiego, który niechętnie się zgadza, przyjmując najniższe stanowisko w Radzie Samorządu Uczniowskiego. Wkrótce Medaka rekrutuje dwóch kolejnych członków: byłego członka klubu judo, Koukiego Akune, na stanowisko sekretarza, oraz obecną członkinię klubu pływania, Moganę Kikaijimy, na stanowisko skarbnika, z wynagrodzeniem w wysokości 300 jenów dziennie. Członkowie Rady Samorządu Uczniowskiego spędzają teraz dni na rozwiązywaniu problemów zgłaszanych przez Medaka Box, niezależnie od tego, czy dotyczą one hultajów w klubach, do których nie należą, dziewcząt potrzebujących pomocy w pisaniu listów miłosnych, czy osób, które zgubiły swoje zwierzęta domowe, stopniowo zdobywając szacunek i podziw całej szkoły.