Medaka Kurokami jest w najdosłowniejszym tego słowa znaczeniu idealna. Piękna, inteligentna i sportowa, jej marzeniem jest sprawianie szczęścia innym. Dlatego, gdy kandyduje na stanowisko przewodniczącej Rady Samorządu Uczniowskiego w prestiżowej Akademii Hakoniwa, wygranie wyborów z wynikiem 98% głosów jest całkowicie oczekiwane. Pierwszą rzeczą, jaką robi ta głośna nowa przewodnicząca, jest założenie „Medaka Box”, skrzynki na sugestie, w której uczniowie mogą składać dowolne prośby o pomoc. Wspólnie z cynicznym Zenkichi Hitoyoshim, swoim przyjacielem z dzieciństwa, którego zmuszono do pomocy, Medaka spełnia te prośby w absurdalnym tempie. Za każde ukończone zadanie dodaje kwiaty do sali rady samorządu, mając na celu wypełnienie nimi całej szkoły. Jednak dwójka ta wkrótce odkryje, że pomaganie innym może być znacznie trudniejsze, niż myśleli, gdy zaczną ujawniać zniszczytelny plan dotyczący akademii, a nawet samej Medaki!