Po zniszczycielskiej wojnie z Zentradi, rasą gigantów, ludzkość uciekła w kierunku centrum galaktyki na flocie kolonialnych statków znanej jako Macross Frontier. Gdy zagrożenie pozaziemskie oddalało się w dal, codzienne życie na Macross Frontier toczyło się normalnie. W 2059 roku Alto Saotome, młody kandydat na pilota mecha, i jego koledzy ćwiczą rutynę wsparcia dla słynnej piosenkarki Sheryl Nome, która przybyła na Macross Frontier na koncert. W trakcie występu nagle pojawia się biomechaniczna rasa obcych zwana Vajra, która łamie obronny obwód statku i rozbija się w pobliżu miejsca koncertu, rzucając całe miasto w chaos. Gdy publiczność ewakuuje się, młoda dziewczyna o imieniu Ranka Lee zostaje w tyle i staje się celem dla Vajra, ale Alto ratuje ją w ostatniej chwili. W wyniku tych wydarzeń program Strategic Military Services dostrzega bojowe umiejętności Alto, co prowadzi do jego rekrutacji do walki z nowym obcym zagrożeniem.