Po międzyplanetarnej wojnie na początku XXI wieku Ziemia leży w gruzach, a większość jej ekosystemu została całkowicie zniszczona. Ponieważ normalne życie na planecie jest już niemożliwe, mieszkańcy są zmuszeni do przeniesienia się na inne światy, gdzie życie będzie, miejmy nadzieję, bardziej komfortowe. Deep Galactic Trade Organization, totalitarny reżim rządzący wieloma z tych nowo zasiedlonych planet, w jakiś sposób doszedł do wniosku, że muzyka jest źródłem zła i musi zostać trwale zakazana i zniszczona. Grupa talentów AKB0048 jest niedługo później utworzona na podstawie oryginalnych członkiń AKB48, które kiedyś żyły na Ziemi. Choć ich muzyka jest obecnie powszechnie uznawana za nielegalną, czynią swoim zadaniem jej ożywienie, podróżując z planety na planetę i organizując jak najwięcej koncertów. Muszą poddać się całkiem nowemu zestawowi metod treningowych, aby stać się najlepszymi, jakie mogą być, jednocześnie unikając stałego zagrożenia aresztowaniem za swoją działalność muzyczną. Dołącz do międzyplanetarnych gwiazd pop AKB0048, gdy próbują uratować świat – za pomocą muzyki!