Kinnikuman II Sei rozgrywa się kilka lat po wydarzeniach z oryginalnej serii Kinnikuman. Mantarou Kinniku jest 59. księciem Planety Kinniku i synem słynnego wrestlera Kinga Suguru. Leniwy, niedojrzały i tchórzliwy, Mantarou pozornie ma niewiele wspólnego ze swoim heroicznym ojcem. Gdy potężna frakcja znana jako dMP zagraża Ziemi, tylko ktoś posiadający siłę Kinnikumana ma szansę im się oprzeć. Ponieważ obecna lokalizacja Kinga jest nieznana, opracowuje się plan, w którym jego syn Mantarou ma przejąć odpowiedzialność. Perspektywa walki z superzłoczyńcami nie pociąga Mantarou, który początkowo ucieka od swoich obowiązków. Ucieka na Ziemię, gdzie spotyka Meata, dawnego trenera swojego ojca. Mimo wad Mantarou, Meat widzi w nim Kinga Suguru i wierzy, że może poprowadzić księcia we właściwym kierunku. Tak zaczyna się podróż Mantarou, by ulepszyć siebie i uratować świat.