Z powodu złych nawyków życiowych ciało pewnego człowieka znajduje się w ciągłym zamęcie. Wśród wszędzie obecnych zarazków, bakterii i obcych ciał, zadania różnych komórek stają się coraz trudniejsze i niebezpieczniejsze. Sekkekkyuu AA2153 i Hakkekkyuu U-1196, jako niektórzy z nieszczęśników, którzy dojrzeli w tym chaotycznym środowisku, dążą do wypełnienia swoich obowiązków – nawet jeśli oznacza to patrzenie, jak wielu ich współtowarzyszy ginie w służbie. Akcja Hataraku Saibou Black rozgrywa się w środowisku diametralnie różnym od oryginału, ukazując walkę komórek o utrzymanie zdrowia organizmu. Jednak stan człowieka nadal się pogarsza, a to, czy ich wysiłki przyniosą konkretne rezultaty, zależy od samych komórek!