Gdy Gintoki Sakata łapie piratującego filmy podczas premiery, przegląda nagranie z kamery i trafia do ponurej, postapokaliptycznej wersji Edo, gdzie tajemnicza epidemia zwana „Białą Trucizną” zdziesiątkowała populację świata. Okazuje się, że pirat nie był piratem – był to android będący maszyną czasu, a Gintoki został wyrzucony pięć lat w przyszłość! Jego partnerzy z Yorozuya, Shinpachi Shimura i Kagura, poszli swoimi drogami i stali się doświadczonymi pojedynczymi mścicielami, podczas gdy on sam zaginął lata temu, znikając bez śladu po tym, jak zapisał dziwną wiadomość w swoim dzienniku. Używając przebrania dostarczonego przez androida-maszynę czasu, Gintoki chaotycznie ponownie łączy zespół Yorozuya, aby zbadać sprawę Białej Trucizny, i szybko odkrywa, że klucz do uratowania przyszłości tkwi w ciemności jego własnej przeszłości. Zdecydowany stawić czoła potężnemu wrogowi, dokonuje ważnego odkrycia – z grupą przyjaciół i sojuszników przy boku, nie musi walczyć sam.