Suigin Riku, uczeń liceum i gracz, uczęszcza do prestiżowej Prywatnej Akademii Shinryou, instytucji dla elity i dzieci bogatych. Jednak Suigin nie jest bogaty; w rzeczywistości jest bardzo biedny i musi pracować w wielu pracach dorywczych, aby opłacić swoje studia. Podczas jednej z takich prac zanurza się w basenie, aby uratować swojego kota, w pełni świadomy, że nie potrafi pływać. Na szczęście ratuje go Rei Riku, piękna i popularna córka dewelopera gier, i zakochuje się w niej. Jest również przyciągany przez inną dziewczynę: nowego przyjaciela, którego poznaje w Dungeon Century, swojej ulubionej internetowej grze RPG. Ale gdy gra ma zostać zamknięta, wie, że jego przygody z nią wkrótce się skończą. Jednak dzień po zamknięciu gry dowiaduje się, że Rei i dziewczyna z internetu to ta sama osoba. Niedługo potem Rei daje Suiginowi nową grę, która ma zastąpić Dungeon Century – grę o tematyce łupieżców grobów o nazwie Grave Buster. Ale gdy Rei zostaje nagle porwana, Suigin zostaje wciągnięty do środka Grave Buster, aby ją uratować. Gin no Guardian śledzi Suigina, gdy przechodzi przez Grave Buster, aby uratować Rei, jednocześnie odkrywając tajemnice ukryte w grze.