W prywatnej akademii Shinryou, kosztownym instytucie dla zamożnych uczniów, trudno byłoby spodziewać się spotkania z ubogim Suiginem Riku. Kiedy nie jest zajęty jednym ze swoich licznych prac dorywczych, które pozwalają mu opłacić naukę, często można go spotkać grającego w RPG Dungeon Century, gdzie nawiązał więź z internetowym przyjacielem. Jednak po zamknięciu Dungeon Century odkrywa, że jego ukochana, życzliwa Rei Riku, i jego internetowy przyjaciel to ta sama osoba. Po tym odkryciu Rei jest porwana i wciągnięta do Grave Bustera, nowej gry online stworzonej przez twórców Dungeon Century, co zmusza Suigina do wejścia do surowego, opartego na płatnościach świata nowej gry, aby ją uratować. Gin no Guardian 2nd Season kontynuuje poszukiwania Suigina, aby uratować Rei, podczas gdy próbuje rozwiązać tajemnice tej dziwnej gry.