Technologia, nauka i przemysł — to Tokio w 1969 roku, i nie ma lepszego czasu, by żyć! Jednak cicho narasta cień wokół każdego rogu: „Inwadorzy” infiltrują społeczeństwo, a nikt nie wie, kim lub czym są. Tylko członkowie tajnej agencji AEGIS wiedzą o ich istnieniu. Ich zadaniem jest niejawna walka z wrogiem, ale tylko ci, którzy mają zdolność otwierania „Bram” do innego świata, mogą ich naprawdę pokonać. W ramach AEGIS istnieje specjalna grupa zadaniowa znana jako „Gate Keepers”. Składa się ona z wyjątkowych jednostek posiadających różnorodne zdolności związane z Bramami; to jedyne osoby, które mogą uratować ludzkość przed okrutnymi Inwadorami plądrującymi planetę. Shun Ukiya to przeciętny uczeń liceum, który mieszka z wdowiem matką i młodszą siostrą. Pewnego dnia, wracając ze szkoły, napotyka grupę Inwadorów zmierzających w stronę jego domu. W desperackiej próbie uratowania rodziny Shun odkrywa, że posiada zdolność otwierania Bramy, co pozwala mu czerpać ogromne ilości energii. Gdy jego nowa zdolność zostaje ujawniona, przyciąga uwagę AEGIS, a szczególnie zainteresowanie jednej z Gate Keepers — Ruriko Ikusawy, przyjaciółki Shuna z dzieciństwa.