Od pokonania Inwazji minęło trzydzieści dwa lata. A.E.G.I.S. jest teraz niemal rozformowany, zdegenerowany do organizacji podziemnej, w której tylko garstka pozostałych Strażników Bram poświęca się ratowaniu ludzkości. Ayane Isuzu, jedna z członkiń, jest zmęczona całym społeczeństwem, ale nadal pokonuje Inwazję z urazy do swojego ojca. Nagle odkrywa, że Maszynny Generał (Kikai Shogun) i Diabelny Książę (Akuma Hakushaku) zostali wskrzeszeni, teraz towarzyszy im tajemnicza dziewczyna-ghost. To Ayane i resztki A.E.G.I.S. przypadło na zadanie powstrzymania ich i ponownego uratowania ludzkości.