Jednego dnia nad Japonią pojawia się gigantyczny UFO, który rozbił się na wiejskiej farmie pod Nagaoką, zakłócając zwykłe życie Tsubasy Misudachi. Gdy Gatchaman, legendarni obrońcy miasta Tachikawa, nadzorują incydent, z statku kosmicznego wychodzi pokojowa istota obca. W trakcie panującego zamieszania Tsubasa otrzymuje od założyciela Gatchamana, J.J. Robinsona, specjalny, zaawansowany technologicznie notes, zwany NOTE, co oznacza nagłe wcielenie Tsubasy do ich grupy. Pod okiem innego bohatera, Hajimego Ichinosego, Tsubasa powoli zaczyna przyzwyczajać się do życia jako obrońca sprawiedliwości. Tymczasem technologia CROWDS, która pozwala użytkownikom materializować swoją świadomość w formie fizycznej, zyskuje popularność wśród ogółu społeczeństwa i jest popierana przez premiera Sugayamę. Jednak tajemnicza organizacja znana jako VAPE zyskała notorię, używając unikalnych czerwonych CROWDS do szerzenia chaosu, co zmienia opinię publiczną na niekorzyść technologii CROWDS. Gatchaman, wraz z nowym rekrutem Tsubasą, musi powstrzymać ich destrukcyjne działania, zanim będzie za późno.