Yuuta Hibiki budzi się w pokoju Rikki Takarady i zauważa dwie rzeczy: nie ma żadnych wspomnień oraz słyszy tajemniczy głos wołający jego imię z pobliskiego pokoju. Przy bliższym zbadaniu znajduje robota – który przedstawia się jako Hyper Agent Gridman – za ekranem starego komputera. Do wielkiego zdziwienia Yuuty, Rikka nie słyszy Gridmana, ani nie widzi złowrogich potworów nadchodzących przez gęstą mgłę, która otacza miasto na zewnątrz. W mieście materializuje się kolejny gigantyczny potwór i zaczyna spustoszenie. W trakcie zamieszania Yuuta ponownie zostaje przyciągnięty do starego komputera i łączy się z Gridmanem. Nagle pojawia się w samym środku bitwy i musi walczyć z potworem. Razem z Rikką i współklasistą Shou Utsumi, Yuuta tworzy "Gridman Alliance", aby pokonać potwory nękające miasto i znaleźć kogoś odpowiedzialnego za ich pojawienie się.