Yuuta Hibiki, uczeń pierwszej klasy liceum mieszkający w Tsutsujidai, pewnego dnia po przebudzeniu nagle traci pamięć. Zdezorientowany niemożnością przypomnienia sobie swojej tożsamości, Yuuta spotyka byt znany jako Hyper Agent Gridman, który nakazuje mu przypomnieć sobie swoją misję!?