Po przeżyciu serii chaotycznych wydarzeń, sierżant najemników Mithril Sousuke Sagara i „szeptana” uczennica liceum Kaname Chidori wracają do zwykłej szkolnej rutyny. Sousuke uparcie próbuje wtopić się w cywilne otoczenie, jednocześnie wykonując swoje misje, podczas gdy Kaname stara mu się pomagać (mimo że jego dziwaczne zachowanie często ją frustruje). Mimo że ich codzienne życie stabilizuje się, pojawiają się nowe problemy. Powstanie niezależnej grupy terrorystycznej o nazwie Amalgam oraz wewnętrzne rozruchy wewnątrz Mithril zagrażają ich spójności, prowadząc do łańcucha porażek i zdrad. Ponadto wprowadzenie nowych, potężnych modeli Arm Slave pogłębia kryzys, gdy na szali leży globalny pokój. Gdy Kaname i Sousuke stawią czoła swoim wewnętrznym walkom pośród walk zagrażających życiu, czy uda im się podjąć właściwe decyzje i zmienić swój los?