Sierżant Sousuke Sagara wraca do szkoły średniej Jindai, aby chronić cenny zasób wojenny, Kaname Chidori, przed wszelkimi zagrożeniami. Jednak jego brak umiejętności społecznych i doświadczenia w prawdziwym życiu prowadzi do komicznych, a jednocześnie niebezpiecznych sytuacji, które zagrażają pokojowemu życiu szkolnemu, o które tak dba Kaname. Gdy Sousuke nadal przyносить do szkoły szeroki wachlarz broni jako sposób na radzenie sobie z zagrożeniami – prawdziwymi czy wymyślonymi – Kaname z trudem wypełnia swoje obowiązki wiceprzewodniczącej rady szkolnej, jednocześnie starając się utrzymać go w ryzach. Aby zapewnić sukces misji, Sousuke jest czasami zmuszony do noszenia kostiumu słynnego maskotka parku rozrywki o nazwie Bonta-kun. Dzięki swojej wiedzy technicznej, ostatecznie przekształca tę exuberantną uniformę w zaawansowany egzoszkielet, który ma tylko jedną wadę: tłumacz głosu może wydawać tylko dźwięk „mofu”. Full Metal Panic? Fumoffu przedstawia przygody Kaname i Sousuke, którzy próbują żyć normalnym życiem szkolnym mimo chaosu, który nieumyślnie powodują.