Jeszcze kilka godzin wcześniej Akira Sengoku bawił się ze swoimi klasami na pokładzie samolotu wracającego do Japonii z szkolnej wycieczki na Guam. Teraz znajduje się samotnie w dżungli po tajemniczym rozbiciu samolotu. Gdy szuka ocalałych, jego otoczenie staje się coraz bardziej podejrzane, gdy napotyka różne gatunki zwierząt, których nigdy wcześniej nie widział. W końcu znajduje dwóch ocalałych – swojego klasę Shirou Mariya i stewardesę Kanako Oomori – którzy są atakowani przez dwumetrowego ptaka! Po ledwie uniknięciu śmierci Shirou używa swojego komputera, aby określić ich dokładną lokalizację i wyjaśnić naturę dziwnych stworzeń, z którymi się spotkali. Jego odkrycie przewyższa wszystko, czego się spodziewali: rozbiли się na wyspie Pacyfiku, która nie powinna istnieć, zamieszkanej przez zwierzęta, które rzekomo wymarły miliony lat temu. Eden no Ori opowiada o walkach Akiry i innych ocalałych na wyspie, która zbyt chętnie widzi ich zniknięcie. Z drapieżnikami czaiącymi się za każdym rogiem, Akira i jego przyjaciele muszą wykorzystać cały swój umysł, aby przetrwać i rozwikłać tajemnice pochodzenia wyspy.