Gdy tajemnicze światło nagle pochłania Ziemię, ludzkość zostaje skamieniała, zamrożona w kamieniu. Tysiące lat później świat tętni wegetacją, a lasy zajęły miejsca miast, które niegdyś dumnie się wznosiły. Jednym z pierwszych, którzy wyzwalają się z kamiennej więzienia, jest Taiju Ooki, który odkrywa, że jego dobry przyjaciel, genialny młody naukowiec o imieniu Senkuu, przygotowywał się na jego obudzenie. Podczas gdy Taiju pragnie uratować dziewczynę, którą kocha, Senkuu jest zdeterminowany, aby wyjaśnić przyczynę dziwnego zjawiska i przywrócić świat do jego dawnego blasku. Ale gdy uwolnią słynnie potężnego Tsukasa Shishiou, aby zyskać przewagę nad niebezpieczeństwami w nieznanym świecie, zdają sobie sprawę, że ich nowy towarzysz ma inne plany. Tsukasa postrzega ich sytuację jako szansę na nowy start; wolny od korupcji i zniszczeń spowodowanych przez technologię, nie cofnie się przed niczym, aby osiągnąć swoje cele. Ponieważ obie strony nie mogą się zgodzić, Senkuu i jego oddanie nauce zderzą się z Tsukasa i jego prymitywną naturą w tym, co naprawdę będzie bitwą epok.