Akcja rozgrywa się w roku 2100, gdy świat połączony jest siecią komputerową. Dzieci na całym świecie stają się Web Diverami, przekształcając swoją świadomość w dane i bawiąc się razem w cyberparku znanym jako Magical Gate. Jednak pojawia się tajemniczy wirus komputerowy, który zaczyna niszczyć Magical Gate od wewnątrz. W cyberprzestrzeni stworzono programy zwane Web Knights, aby chronić dzieci. Ale wirus komputerowy zwrócił wszystkich Web Knights przeciwko dzieciom. Jedynym Web Knightem, który uniknął "przemywania mózgów", jest Gladion. Gladion szuka pomocy Kaito Yuki, ucznia czwartej klasy i Web Divera.