Pewnego dnia grupa klasowych kolegów wykona nocą, po lekcjach, rytuał Happy Sachiko. Ten rytuał z papierową lalką ma na celu zapewnienie im przyjaźni na zawsze, ale jego niepoprawne wykonanie spowoduje, że zostaną wciągnięci do opuszczonego ducha Tenjin Elementary School, która została zburzona lata temu. Uwięzieni, dopóki nie zdołają się zebrać i poprawnie wykonać rytuału, uczniowie muszą rozwiązać zagadkę nawiedzonej szkoły, aby uciec żywi. Przed tą tragiczną imprezą przyjaciele prowadzili jednak zwykłe życie. Corpse Party: Missing Footages dostarcza wglądu w życie uczniów w dniu poprzedzającym ich rzucenie do jawnej koszmaru.