W roku 2199 Ziemia jest tylko cieniem dawnej chwały po okrutnym bombardowaniu przez Imperium Gamilas. Mieszkańcy zostali zmuszeni do schronienia się pod ziemią, aby uciec przed zanieczyszczoną promieniowaniem powierzchnią, ale śmiertelne promieniowanie zbliża się coraz bardziej do cofającej się populacji. Zaledwie rok dzieli ludzkość od całkowitego i bezwzględnego zagłady, czas szybko upływa, a nadziei jest mało. Dotychczas każda próba ucieczki lub odwetu była natychmiast niszczone przez obce imperium – aż do momentu, gdy awaryjna transmisja z planety Iscandar w sąsiedniej galaktyce zaoferowała iskierkę nadziei na uratowanie skazanej na zagładę planety. Tajnie, Siły Zbrojne Ziemi konstruują silnik szybszy niż światło dla podróży do Iscandar. Uzbrojona w nowe bronie i załogę z determinowanych, bezstrachowych marynarzy, okręt bitowy Yamato z ery II wojny światowej odrodziła się jako Kosmiczny Okręt Bitowy Yamato. Ona i jej załoga wyruszają w niebezpieczną podróż przez gwiazdy, aby uratować swój dom i całą rasę ludzką.