Gdy tajemnicza statek kosmiczny rozbił się na Ziemi, ludzkość zdała sobie sprawę, że nie jest sama. Obawiając się potencjalnego zagrożenia z kosmosu, świat odłożył na bok nacjonalizm, sprzeczne interesy i różnice kulturowe, łącząc się pod sztandarem Organizacji Narodów Zjednoczonych. Nowo utworzone siły ONZ postanowiły przeznaczyć obcy statek kosmiczny do własnych potrzeb, nadając mu nazwę SDF-1 Macross. Niestety, w dniu jego pierwszego lotu, flota statków kosmicznych należąca do rasy obcych znana jako Zentradi zstąpiła na Ziemię, a SDF-1 Macross, działając z własnej inicjatywy, zestrzelił nadlatujący eskadrę, rozpoczynając wojnę międzygalaktyczną. W próbie ucieczki Macross próbował wynieść się na orbitę Księżyca, ale statek – wraz z miastem, w którym się znajdował – został przeniesiony do odległych zakątków kosmosu. Wplątani w tę sytuację są Hikaru Ichijou, swobodny pilot akrobatyczny, oraz Minmay Lynn, aspirująca piosenkarka. Ci dwaj, wraz załogą Macrossa, przeżywają epicką podróż pełną smutku i dramatu, stając twarzą w twarz z okrucieństwami wojny.