Po przemieszczeniu się o lata świetlne od Ziemi, statek kosmiczny Macross przenosi miasto cywilów i żołnierzy z powrotem do domu. Ciągle walczą z zagrożeniem ze strony Zentradi i Meltrandi, gigantycznych ras obcych, z którymi ludzkość toczy wojnę. Podczas bitwy Macross przekształca się w mecha sterowanego przez pilota myśliwskiego Hikaru Ichijou. Wplątany w szereg trudności, Hikaru zbliża się do idola miasta Minmay Lynn. Jednakże, gdy ich relacja się rozwija, jest ona postrzegana negatywnie przez innych ze względu na status i popularność Minmay. W obliczu trwającej wojny i nieznanej sytuacji na Ziemi, Hikaru i jego współtowarzysze żołnierze kontynuują walkę z tajemniczymi wrogami. Przez całe krwawe starcia, Hikaru i Minmay próbują utrzymać swoje uczucia do siebie nawzajem. Minmay wkłada serce w swoją muzykę, która może okazać się kluczem do znalezienia pokoju.