Rok 2089 n.e. – osiemdziesiąt lat minęło od czasu, gdy I Wojna Kosmiczna zmieniła losy ludzkości oraz rasy Zentraedi. Obie rasy współistnieją w pokoju na Ziemi, dopóki w Układzie Słonecznym nie pojawia się nowa rasa obcych, „Marduk”. Podczas relacjonowania początkowej bitwy między U.N. Spacy a flotą Marduk, początkująca reporterka SNN, Hibiki Kanzaki, odkrywa Ishtar, „Emulatora”, który poprzez śpiew zwiększa zdolności bojowe Marduk. Hibiki przywozi Ishtar na Ziemię, aby nauczyć ją wartości życia i kultury. Wspólnie z asem pilotem Valkyrie, Silvie Gena, Hibiki i Ishtar muszą znaleźć sposób na uratowanie Ziemi przed całkowitym zniszczeniem przez przywódcę Marduk, Inguesa.