Grupa galaktyczna zawiera ponad 100 000 000 000 galaktyk, przy czym Droga Mleczna – dom systemu słonecznego Ziemi – jest tylko jedną z wielu w rozległościach przestrzeni kosmicznej. Akcja rozpoczyna się w roku 3199, gdy potężny wróg atakuje Drogę Mleczną z sąsiedniej galaktyki. Ten przeciwnik stawia czoła połączonym siłom Drogi Mlecznej, Przymierzu składającemu się z licznych narodów gwiazdowych, i pokonuje je kolejno. Przetrwałe siły Przymierza Drogi Mlecznej zostają zredukowane do zaledwie sześciu flot. Po zniszczeniu siedziby Przymierza, gdy centralne dowództwo stoi w obliczu nadchodzącego upadku, Wielki Yamato „Zero” zaskakuje wszystkich i wyrusza na misję, aby pomóc Przymierzu Drogi Mlecznej w ostatniej, rozstrzygającej bitwie.