Po początkowym konflikcie między ludzkością a rasą obcych zwaną Robakami, Ziemia została zredukowana do cienia swojej dawnej świetności, z ogromnymi lądami zatopionymi pod wodą i niezliczonymi ofiarami śmiertelnymi wśród ludzi. Gdy Robaki rozpoczynają kolejną inwazję, prawie każda zdolna osoba jest wcielana do desperackiej walki. Otoha Sakurano, Eika Ichijou i Karen Sonomiya to trzy młode dziewczyny powołane do stworzenia elitarnego oddziału "Sonic Divers": bojowników, którzy wykorzystują najnowocześniejszą technologię egzoszkieletów, aby zwiększyć swoje możliwości walki. Po brutalnej zasadzie na ich statku stealth, trójka musi założyć swoje sprzęty i udowodnić, że ich jednostka jest w stanie chronić ludzkość.