Jougorou Kobato ma nawyk wtrącania się w czyjeś problemy. Po tym, jak zdał sobie sprawę, że jego umiejętności detektywistyczne są niepożądane i niecenione, zawiera umowę ze swoim nieśmiałym przyjacielem Yuki Osanaiem, aby wspólnie stać się zwykłymi ludźmi. Teraz, gdy zaczynają liceum, dążą do tego, by postrzegani byli jako przeciętni uczniowie, jednak Kobato nie może powstrzymać się przed powrotem do swoich dedukcyjnych nawyków, gdy napotyka codzienne zagadki. Niestety, nie tylko banalne wydarzenia trafiają na ich drodze. Podczas gdy przechodzą przez szkolne dni, starając się nie przyciągać uwagi, Kobato i Osanai czasami zostają wplątani w incydenty, które narażają ich plan spokojnego, przeciętnego życia.