„Labirynt” to rozległa przestrzeń podziemna, w której ludzie mieszkają w grupach zwanych „koloniami”. Z biegiem czasu powierzchnia stała się odległym wspomnieniem – albo może jest jedynie fantazją dla tych, którzy nigdy nie doświadczyli jej cudów. Aby zapewnić przetrwanie ludzkości w surowych warunkach podziemnych, mieszkańcy kolonii pełnią różne specjalistyczne role. Do nich należą „Pracownicy”, którzy wydobywają cenne rudy potrzebne do zasilania kolonii, oraz „Markery”, którzy wędrują przez nieoczekiwanie bujną środowisko Labiryntu, aby zbierać informacje ułatwiające nawigację. Jednak ludzkość stoi również w obliczu egzystencjalnego zagrożenia ze strony stworzeń znanych jako „kaijuu”, których rozmiary wahają się od wielkości małego dziecka do ogromnego budynku i które są wrogo nastawione do każdego człowieka, którego spotkają. Co więcej, kaijuu o odpowiedniej wielkości mogą przebić się do kolonii, co dodatkowo zwiększa niebezpieczeństwo. Memenpu to dziewięcioletnia absolwentka college'u, której wynalazki znacznie pomogły Pracownikom w jej lokalnej kolonii. Ostatnio jednak marzy o miejscu z nieskończonym sufitem, nieograniczonym skałami macierzystymi. Te aspiracje napędzają jej ambicję, by zostać Markerką i eksplorować rozległą, nieznana przestrzeń Labiryntu w poszukiwaniu takiego fantastycznego miejsca. Pomimo silnego sprzeciwu jej ojca, Gagumbera, określony incydent związany z kaijuu wywołuje niebezpieczną, ale ekscytującą przygodę, która bez wątpienia na zawsze zmieni bieg historii ludzkości.