Wedle legendy, po zniszczeniu Ziemi mistrz zegarmistrz Y zbudował nowy świat z kół zębatych i mechanizmów. Naoto Miura to młody chłopak, który marzy o tym, by zostać wielkim zegarmistrzem. Mimo swojego wyjątkowego talentu – ostrego słuchu, który pozwala mu natychmiast zrozumieć mechanizmy zegarowe tylko po ich dźwięku – nie odniósł większych sukcesów. To się zmienia, gdy do jego mieszkania spada trumna, ujawniając RyuZU, żeński automaton stworzony przez samego Y. Przybycie RyuZU wprowadza do życia Naoto Marie Bell Breguet, utalentowaną spadkobierczynię prestiżowej linii zegarmistrzów, oraz jej cyborgową strażniczkę Vainney Halter. Gdy obie wpadają w śmiertelnie niebezpieczną, pełną akcji bitwę, odkrywają niepokojącą prawdę: planetę zegarową, na której ludzkość mieszkała przez ponad tysiąc lat, zaczyna zawodzić – tajemnicę, którą wielu jest gotowych zabijać, by ukryć.