Clockwork Planet to sztuczne ciało niebieskie stworzone przez enigmatycznego mistrza zegarów znanego jako Y. W pojedynkę odbudował Ziemię, używając wyłącznie stosów danych i części kół zębatych, nadając życie planecie, która była martwa od tysiąca lat. Naoto Miura to niezwykły uczeń szkoły średniej, który posiada wyjątkowo ostry słuch. Jego dar pozwala mu słyszeć obracanie się nawet najmniejszych kół zębatych na planecie. Jest obsesyjnie zainteresowany mechanizmami zegarowymi, więc spędza dni bawiąc się kołami zębatymi, co czyni go wyobcowanym w szkole. Pewnego dnia, gdy Naoto kąpie się pod prysznicem, duży kontener nagle uderza w jego mieszkanie. Wewnątrz odkrywa pięknie zachowanego automata o imieniu RyuZU i postanawia ją naprawić. Naoto nie ma pojęcia, że to spotkanie z RyuZU obróci kołem losu, na zawsze zmieniając bieg ludzkości.