Po spotkaniu z Izuko Gaen, specjalistką od anomalii, trzioletni uczeń liceum Koyomi Araragi budzi się w dziwnym, pustym próżni, gdzie witany jest przez radosnie znajomą twarz w szokująco nieznanej scenerii. Z pomocą swojej dziewczyny Hitagi Senjougahara, Araragi nawiguje niciami swojej przeszłości i zagadkami teraźniejszości, aby znaleźć odpowiedzi. Jednak los ponownie prowadzi go do ekscentrycznej uczennicy z innej szkoły, Ougi Oshino, która przedstawia nieoczekiwaną propozycję, która może odsłonić same fundamenty, do których jest związany. Gdy Araragi odkrywa warstwy tajemnicy otaczającej ducha, znajduje prawdę, która nigdy nie miała zostać ujawniona.