W Szaleństwie Arkham Batman konfrontuje się z Gorillą Groddem, próbując zniszczyć jego najnowszy wynalazek: Silnik Trzęsienia. W trakcie chaosu silnik aktywuje się, a całe szaleństwo nagle znika w powietrzu – wraz z Batmalem. Gdy kurz opada, Batman znajduje się na środku nieznanej mu drogi. Wkrótce uświadamia sobie, że nie jest już w Gotham City, lecz w feudalnej Japonii! Zdziwienie szybko mija, gdy na niego napadają samuraje, chcąc go zabić. Późniejsze śledztwo Batmana prowadzi do odkrycia, że za rozkazem zabójczym stoi nikt inny jak jego arcywrog, Joker. Po spotkaniu z Kotką dowiaduje się, że przestępcy ze szaleństwa zostali przeteleportowani tam dwa lata wcześniej – każdy rządził fragmentem Japonii, a Joker był dominującym władcą. Aby wrócić do domu, Batman musi ponownie aktywować Silnik Trzęsienia, znajdujący się w pozostałościach szaleństwa, teraz znanego jako Zamek Arkham. Jednak istnieje jeden problem: oprócz pasa z gadżetami, arsenał, który kiedyś miał pod ręką, praktycznie zniknął. Ninja Batman towarzyszy Ciemnemu Rycerzowi w jego wędrówce przez nowe, obce środowisko, stając twarzą w twarz ze znajomymi wrogami w próbie powrotu do Gotham w jednym kawałku.