Batman Ninja podróżuje przez wieki, gdy urządzenie do przemieszczania się w czasie Goryla Grodda wysyła wielu najniebezpieczniejszych wrogów Batmana do feudalnej Japonii, wraz z Ciemnym Rycerzem i garstką jego sojuszników. Złodzieje przybierają tożsamości feudalnych władców rządzących podzieloną ziemią, a Joker prowadzi walczące frakcje. Ponieważ jego konwencjonalny, wysokotechnologiczny sprzęt zostaje wyczerpany niemal natychmiast, Batman musi polegać na swoim sprycie i sojusznikach – w tym na Catwoman i szerszej rodzinie Bat – aby przywrócić porządek w regionie i wrócić do współczesnego Gotham City.