Nijiiro Days opisuje barwne życie i romantyczne splątania czterech licealistów: Natsukiego Hashiby, marzyciela z deluzjami miłosnymi; Tomoyi Matsunagi, narcystycznego playboya z wieloma dziewczynami; Keiichiego Katakury, perwersyjnego sadysty, który zawsze nosi ze sobą chłostę; oraz Tsuyoshiego Naoego, otaku z dziewczyną cosplayującą. Gdy jego dziewczyna nagle go zostawia w Wigilię, Natsuki rozpłakuje się na środku ulicy i otrzymuje chusteczki od dziewczyny w stroju Mikołaja. Natychmiast zakochuje się w tej dziewczynie, Annie Kobayakawie, która szczęściem chodzi do tej samej szkoły co on. Podbojowanie Anny przez Natsukiego powinno być proste i bezproblemowe; jednak, do jego rozpaczy, jego ciekawscy przyjaciele stale mieszą się w jego związek, dążąc do sukcesu we własnych miłosnych przedsięwzięciach.