Nijiiro Days opisuje codzienne życie czterech licealistów: Natsuki Hashiby, beznadziejnego romantyka; Keiichi Katakury, sadysty; Tomoyi Matsunagi, playboya oraz Tsuyoshi Naoego, inteligentnego otakua. Mimo ciągłych problemów z nauką, spędzają czas na bzdurach i przeżywają romantyczne perypetie. Jednakże w Wigilii Natsuki zostaje porzucony przez swoją dziewczynę. Gdy płacze w samotności, otrzymuje paczkę chusteczek od dziewczyny ubranej w strój Mikołaja. W zamian daje jej szalik, który pierwotnie miał być prezentem dla jego byłej dziewczyny. Gdy wakacje się kończą i Natsuki wraca do szkoły, odkrywa, że dziewczyna nazywa się Anna Kobayakawa – która akurat chodzi do tej samej szkoły co on! Zakochawszy się w Annie, Natsuki stara się zbliżyć do niej, mimo że jego przyjaciele przeszkadzają mu w planach.