Najlepsi przyjaciele Yuu, Haru i Kotona dzielą spokojne życie w liceum. Pewnego dnia jednak podejrzany mężczyzna goni i postrzela Kotona – incydentu, którego Yuu i Haru nie mogą powstrzymać. Gdy spieszą z dziewczyną do szpitala, dwóch chłopców niemal zostaje potrąconych przez ciężarówkę, ale cudownie wychodzą z tego cało. Zamiast tego trafiają do bajkowego królestwa pełnego różnorodnych ludzi i wspaniałych stworzeń. Do ich zdumienia chłopcy odkrywają, że Yuu, który od dzieciństwa porusza się na wózku inwalidzkim, potrafi teraz chodzić! Nie ma jednak czasu na zastanawianie się nad tym zagadkowym stanem rzeczy, ponieważ ich przyjaciółka zniknęła. Rozpaczliwie szukając Kotony, Yuu i Haru odwiedzają lokalną tawernę, aby zapytać o nią. Ale gdy przyglądają się portretowi Ashi, księżniczki królestwa, dokonują szokującego odkrycia. Ni no Kuni opowiada historię niezwykłej przygody w magicznym świecie, podkreślając unikalny związek między dwoma odmiennymi, lecz równoległymi krainami oraz więzi łączące poszczególne osoby.