W przyszłości ludzkość rozszerzyła swoją obecność i skolonizowała inne planety. Następnie obca rasa, Victim, atakuje kolonie ludzkie, pozostawiając tylko jedną planetę, Zion. Aby powstrzymać Victim przed zniszczeniem ostatniej planety, powstaje szkoła szkoleniowa GOA, która zbiera chłopców z kolonii Zion i szkoli ich do bycia pilotami Ingrids, czyli Bogiń, pięciu robotów bojowych chroniących Zion. Chłopcy muszą posiadać rzadki grupę krwi EO oraz specjalną zdolność, zwaną EX. Zero (Kandydat 88) właśnie przybywa do GOA, gdy wpada do kokpitu Ingrid Eeva-Leena. Ponieważ synchronizacja między pilotem a Ingrid jest bardzo wrażliwa, wszyscy wierzą, że Bogini zabije Zero w próbie synchronizacji. Tuż przed utratą przytomności Zero osiąga pełną synchronizację z Boginią. Zanim może dowiedzieć się więcej o tym incydencie, rozpoczyna się jego szkolenie pilota.