Ralph, starszy brat jedenastoletniej Sara Werec, został wysłany na front wojny międzygwiezdnej oddalonej o 130 lat świetlnych, a Sara przysięgła, że pewnego dnia dołączy do niego jako jego towarzysz. Pięć lat później Sara jest studentką Akademii Wojskowej Przestrzennej Grapera, trenując, by zostać Reasonerem, pilotem zaawansowanego systemu broni zwanego „Strain”. Kiedy akademię nagle atakują siły wroga, Sara wchodzi w walkę ze Strainem, który szybko ją przytłacza. Po jej zneutralizowaniu pilot ujawnia się jako jej brat Ralph. Zabijając wszystkich pozostałych studentów i niszcząc szkołę, znika, pozostawiając Sarę z pytaniami o wszystko, co kiedykolwiek wiedziała. Soukou no Strain to historia Sara, która wraca do szkolenia pod nowym imieniem, teraz zdeterminowana, by stawić czoła swojemu bratu i zrozumieć jego działania.