Akcja Mai-Otome Zwei rozgrywa się rok po wydarzeniach z Mai-Otome. Arika stała się pełnoprawną Otome (choć nadal pozostaje pod opieką panny Marii), podczas gdy Nagi jest uwięziona w zakładzie gdzieś w Aries. Różne narody obecnie utrzymują między sobą pokój i planują przeprowadzić rozmowy S.O.L.T. (Strategic Otome Limitation Talks) w celu omówienia ograniczenia liczby Otome. Misja zniszczenia meteorytu zagrażającego zderzeniem z Earlem uruchamia łańcuch wydarzeń, w wyniku którego tajemnicza, zaciemniona postać atakuje Garderobe oraz kilka Otome, a na całym planecie pojawia się nowa, potężniejsza wersja Slave. Aby spraw było gorzej, Królowa Mashiro znika po kłótni z Ariką. Seria śledzi poszukiwania Mashiro przez Arikę, a także próby Garderobe odkrycia prawdy stojącej za tajemniczą postacią.