My-Otome Zwei rozgrywa się rok po wydarzeniach z My-Otome. Arika stała się pełnoprawną Otome, choć nadal pozostaje pod opieką panny Marii, ponieważ nie zdobyła jeszcze wystarczającej liczby punktów, aby ukończyć naukę. Tymczasem Nagi jest uwięziony w obozie gdzieś w Aries. Różne narody są obecnie w stanie pokoju i zamierzają zorganizować rozmowy S.O.L.T. (Strategic Otome Limitation Talks), aby omówić ograniczenie liczby Otome. Misja zniszczenia meteorytu zagrażającego zderzeniem z Earlem wywołuje łańcuch wydarzeń. W ich skład wchodzą atak na Garderobe i kilku Otome przez tajemniczą, zarysowaną postać, a także pojawienie się nowej, bardziej potężnej wersji Slave na całym świecie. Do tego dochodzi zniknięcie królowej Mashiro po kłótni z Ariką. Serial śledzi poszukiwania Mashiro przez Arikę oraz wysiłki Garderobe mające na celu odkrycie prawdy na temat tajemniczej postaci.