Osiem lat po tajemniczej śmierci swojego ojca, Kaito Kuroba, nieco psotny, ale w przeciwnym razie zwyczajny nastolatek, odkrywa szokującą tajemnicę: Fantomowy Złodziej Kaito Kid — znany również jako "Czarodziej pod światłem księżyca" — był w rzeczywistości jego własnym ojcem. Były złodziej został zabity przez organizację przestępczą polującą na mityczny kamień zwany Pandorą, który rzekomo wypuszcza łzę, gdy przechodzi Kometą Doliny, wydarzenie, które ma miejsce co dziesięć tysięcy lat. Spożycie tej łzy rzekomo przyznaje nieśmiertelność. Zdecydowany, aby sprawcy śmierci jego ojca stali się sprawiedliwości, Kaito zakłada maskę Fantomowego Złodzieja, kradnąc bezcenne klejnoty noc po nocy w poszukiwaniu Pandory, zanim jego wrogowie mogą wykorzystać jej moc.